BME 311 | Ders Tanıtım Bilgileri - Biyomedikal Mühendisliği

Dersin Adı

Hesaplamalı Biyoinformatik

Kodu	Yarıyıl	Teori (saat/hafta)	Uygulama/Lab (saat/hafta)	Yerel Kredi	AKTS
BME 311	Güz/Bahar	2	2	3	6

Ön-Koşul(lar)

	SE 113 Başarılı olmak (En az DD notu almış olmak)
veya	SE 115 Başarılı olmak (En az DD notu almış olmak)

Dersin Dili

İngilizce

Dersin Türü

Seçmeli

Dersin Düzeyi

Lisans

Dersin Veriliş Şekli

Yüz Yüze

Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri

Tartışma
Grup çalışması
Problem çözme
Deney / Laboratuvar / Atölye uygulama
Anlatım / Sunum

Ulusal Meslek Sınıflandırma Kodu

-

Dersin Koordinatörü

Doç. Dr. Osman DOLUCA

Öğretim Eleman(lar)ı

Doç. Dr. Osman DOLUCA

Yardımcı(ları)

Araş. Gör. Duygu GEÇKİN

Dersin Amacı

Bu ders, biyolojik verilerin analizi için kullanılan algoritmaları ve bu biyolojik verilerin çevrimiçi veritabanlarında depolandığı dosya formatlarını öğretmeyi amaçlamaktadır.

Öğrenme Çıktıları

#	İçerik	PÇ Sub	* Katkı Düzeyi
#	İçerik	PÇ Sub	1	2	3	4	5
1	Biyoenformatik problemlerini tanımlayabilecektir,
2	Biyoenformatik problemlerini tanımlayabilecektir
3	Biyolojik veri tabanlarını ve veri formatlarını açıklayabilecektir
4	Farklı biyoinformatik problemleri için kullanılan algoritmaları tartışabilecektir
5	Belirli bir biyoinformatik problemini çözmek için seçilen algoritmayı uygulayabilecektir

Ders Tanımı

Bu ders dizi hizalama, DNA ve protein dizilerinde motif keşfi, protein ağlarını kümeleme, etkileşim ağları kullanarak protein kompleks keşfi, filogenetik ağaç yapımı ve yeni nesil dizileme için kullanılan algoritmaları kapsar.

Dersin İlişkili Olduğu Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Dersin Kategorisi	Temel Ders
	Uzmanlık/Alan Dersleri	X
	Destek Dersleri
	İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
	Aktarılabilir Beceri Dersleri

Hafta	Konular	Ön Hazırlık	Öğrenme Çıktısı
1	Python’a giriş	Bölüm 2, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
2	Değişkenler, if/else bloğu	Bölüm 1, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 Bölüm 3, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780124105102
3	Fonskyonlar ve modüller	Bölüm 5, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
4	Kolleksiyon ve kavramalar	Bölüm 5, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066
5	Fasta ve Genbak dosyaları okuma	Bölüm 5, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
6	K-mer ile DNA’da tekrar arama	Bölüm 7, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
7	RegEx ile motif arama	Bölüm 4, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066
8	K-means ile biyolojik very gruplama	Bölüm 10, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066
9	Etkileşim ağlarında protein kompleks keşfi	Bölüm 8, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
10	Biopython ile dizi hizalama	Bölüm 6, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
11	Sıralı hizalamada afin boşluk maliyeti	Bölüm 6, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066
12	Ara Sınav I
13	Yeni nesil dizileme analizinde ve çoklu dizi hizalamasında kullanılan algoritmalar.	Bölüm 7, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102
14	UPMGA ve Komşu-birleştirme ağaç oluşturma algoritmaları.	Bölüm 10, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066
15	Dönemin gözden geçirilmesi
16	Final Sınavı

Ders Kitabı

Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102

N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066

Önerilen Okumalar/Materyaller

S. Bassi, Python for Bioinformatics, CRC Press , 2010, ISBN: 9781351976954

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Katkı Payı %	LO 1	LO 2	LO 3	LO 4	LO 5
Katılım
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Portfolyo
Ödev	1	10
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje	1	20
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav	1	30
Final Sınavı	1	40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı	4	60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı	1	40
Toplam

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Süre (Saat)	İş Yükü
Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)	16	2	32
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)	16	2	32
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	3	42
Arazi Çalışması			0
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği			0
Portfolyo			0
Ödev	1	14	14
Sunum / Jüri Önünde Sunum			0
Proje	1	16	16
Seminer/Çalıştay			0
Sözlü Sınav			0
Ara Sınavlar	1	20	20
Final Sınavı	1	24	24
		Toplam	180

#	PÇ Sub	Program Yeterlilikleri / Çıktıları	* Katkı Düzeyi
#	PÇ Sub	Program Yeterlilikleri / Çıktıları	1	2	3	4	5
1	Matematik, Fen Bilimleri ve Biyomedikal Mühendisliği konularında yeterli bilgi sahibidir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanır.		X	-	-	-	-
2	Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerini saptar, tanımlar, formüle eder ve çözer; bu amaca uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçer ve uygular.		X	-	-	-	-
3	Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlar; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygular.		-	X	-	-	-
4	Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirir, seçer ve kullanır.		-	-	-	X	-
5	Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerinin veya araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlar, deney yapar, veri toplar, sonuçları analiz eder ve yorumlar.		-	-	X	-	-
6	Biyomedikal Mühendisliği disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler.		X	-	-	-	-
7	Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurar; etkin rapor yazar ve yazılı raporları anlar, tasarım ve üretim raporları hazırlar, etkin sunum yapar, açık ve anlaşılır talimat verir ve alır.		-	-	-	-	-
8	Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi sahibidir; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçlarının farkındadır.		-	-	-	-	-
9	Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahiptir; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi sahibidir.		-	-	-	-	-
10	Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi sahibidir; girişimcilik, yenilikçilik hakkında bilinçlidir; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi sahibidir.		-	-	-	-	-
11	Bir yabancı dili kullanarak Biyomedikal Mühendisliği ile ilişkili konularda, bilgi toplar ve meslektaşları ile iletişim kurar.		-	-	-	-	-
12	İkinci yabancı dili orta düzeyde kullanır.		-	-	-	-	-
13	Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincindedir; bilgiye erişir, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izler ve kendini sürekli yeniler; insanlık tarihi boyunca oluşan bilgi birikimini Biyomedikal Mühendisliği alanıyla ilişkilendirir.		-	-	-	-	-

BME 311 | Ders Tanıtım Bilgileri

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

Sosyal Medya

Sosyal Medya

HABERTÜM HABERLER

3 haftalık Biyoinformatik Kampı başarı ile tamamlanmıştır

Bitkisel Güzellik: Mor Lahanadan Ruj ve Allık

Öğrencilerimiz ile THI Medikal Firmasına Teknik Gezi

Dermoskopik Görüntülerden Melanom Tespiti çalışması ödül aldı

İspanya Universidad Jaume Üniversitesi ile Biyomedikal Mühendisliği Erasmus Anlaşması Yapıldı

İzmir Ekonomi Üniversitesi Medical Point Hastanesi Klinik Mühendisi Semineri

İş Sağlığı ve Güvenliği Semineri

An Oligonucleotide Story by Assoc. Prof. Dr. Osman DOLUCA

YENİ GÜZELBAHÇE KAMPÜSÜMÜZ

KÜRESEL KARİYER

BİLİME KATKI

İNSANA DEĞER

TOPLUMA FAYDA