MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ
Biyomedikal Mühendisliği
Sosyal Medya
BME 311 | Ders Tanıtım Bilgileri
| Dersin Adı |
Hesaplamalı Biyoinformatik
|
|
Kodu
|
Yarıyıl
|
Teori
(saat/hafta) |
Uygulama/Lab
(saat/hafta) |
Yerel Kredi
|
AKTS
|
|
BME 311
|
Güz/Bahar
|
2
|
2
|
3
|
6
|
| Ön-Koşul(lar) |
|
|||||||||
| Dersin Dili |
İngilizce
|
|||||||||
| Dersin Türü |
Seçmeli
|
|||||||||
| Dersin Düzeyi |
Lisans
|
|||||||||
| Dersin Veriliş Şekli | Yüz Yüze | |||||||||
| Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri | TartışmaGrup çalışmasıProblem çözmeDeney / Laboratuvar / Atölye uygulamaAnlatım / Sunum | |||||||||
| Dersin Koordinatörü | ||||||||||
| Öğretim Eleman(lar)ı | ||||||||||
| Yardımcı(ları) | ||||||||||
| Dersin Amacı | Bu ders, biyolojik verilerin analizi için kullanılan algoritmaları ve bu biyolojik verilerin çevrimiçi veritabanlarında depolandığı dosya formatlarını öğretmeyi amaçlamaktadır. |
| Öğrenme Çıktıları |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
| Ders Tanımı | Bu ders dizi hizalama, DNA ve protein dizilerinde motif keşfi, protein ağlarını kümeleme, etkileşim ağları kullanarak protein kompleks keşfi, filogenetik ağaç yapımı ve yeni nesil dizileme için kullanılan algoritmaları kapsar. |
|
|
Temel Ders | |
| Uzmanlık/Alan Dersleri |
X
|
|
| Destek Dersleri | ||
| İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri | ||
| Aktarılabilir Beceri Dersleri |
HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
| 1 | Python’a giriş | Bölüm 2, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 2 | Değişkenler, if/else bloğu | Bölüm 1, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 Bölüm 3, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780124105102 |
| 3 | Fonskyonlar ve modüller | Bölüm 5, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 4 | Kolleksiyon ve kavramalar | Bölüm 5, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066 |
| 5 | Fasta ve Genbak dosyaları okuma | Bölüm 5, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 6 | K-mer ile DNA’da tekrar arama | Bölüm 7, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 7 | RegEx ile motif arama | Bölüm 4, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066 |
| 8 | K-means ile biyolojik very gruplama | Bölüm 10, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066 |
| 9 | Etkileşim ağlarında protein kompleks keşfi | Bölüm 8, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 10 | Biopython ile dizi hizalama | Bölüm 6, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 11 | Sıralı hizalamada afin boşluk maliyeti | Bölüm 6, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066 |
| 12 | Ara Sınav I | |
| 13 | Yeni nesil dizileme analizinde ve çoklu dizi hizalamasında kullanılan algoritmalar. | Bölüm 7, Bioinformatics for beginners, Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Supratim Choudhuri. Elservier, 2014, ISBN: 9780124105102 |
| 14 | UPMGA ve Komşu-birleştirme ağaç oluşturma algoritmaları. | Bölüm 10, N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004, ISBN: 9780262101066 |
| 15 | Dönemin gözden geçirilmesi | |
| 16 | Final Sınavı |
| Ders Kitabı |
|
| Önerilen Okumalar/Materyaller |
|
DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Katkı Payı % |
| Katılım | ||
| Laboratuvar / Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği | ||
| Portfolyo | ||
| Ödev |
1
|
10
|
| Sunum / Jüri Önünde Sunum | ||
| Proje |
1
|
20
|
| Seminer/Çalıştay | ||
| Sözlü Sınav | ||
| Ara Sınav |
1
|
30
|
| Final Sınavı |
1
|
40
|
| Toplam |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
4
|
60
|
| Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı |
1
|
40
|
| Toplam |
AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
| Yarıyıl Aktiviteleri | Sayı | Süre (Saat) | İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Teorik Ders Saati (Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati) |
16
|
2
|
32
|
| Laboratuvar / Uygulama Ders Saati (Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati) |
16
|
2
|
32
|
| Sınıf Dışı Ders Çalışması |
14
|
3
|
42
|
| Arazi Çalışması |
0
|
||
| Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği |
0
|
||
| Portfolyo |
0
|
||
| Ödev |
1
|
14
|
14
|
| Sunum / Jüri Önünde Sunum |
0
|
||
| Proje |
1
|
16
|
16
|
| Seminer/Çalıştay |
0
|
||
| Sözlü Sınav |
0
|
||
| Ara Sınavlar |
1
|
20
|
20
|
| Final Sınavı |
1
|
24
|
24
|
| Toplam |
180
|
DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ
|
#
|
Program Yeterlilikleri / Çıktıları |
* Katkı Düzeyi
|
||||
|
1
|
2
|
3
|
4
|
5
|
||
| 1 | Matematik, Fen Bilimleri ve Biyomedikal Mühendisliği konularında yeterli bilgi sahibidir; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanır. |
X | ||||
| 2 | Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerini saptar, tanımlar, formüle eder ve çözer; bu amaca uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçer ve uygular. |
X | ||||
| 3 | Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlar; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygular. |
X | ||||
| 4 | Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirir, seçer ve kullanır. |
X | ||||
| 5 | Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerinin veya araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlar, deney yapar, veri toplar, sonuçları analiz eder ve yorumlar. |
X | ||||
| 6 | Biyomedikal Mühendisliği disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışır; bireysel çalışma sergiler. |
X | ||||
| 7 | Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurar; etkin rapor yazar ve yazılı raporları anlar, tasarım ve üretim raporları hazırlar, etkin sunum yapar, açık ve anlaşılır talimat verir ve alır. |
|||||
| 8 | Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi sahibidir; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçlarının farkındadır. |
|||||
| 9 | Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahiptir; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi sahibidir. |
|||||
| 10 | Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi sahibidir; girişimcilik, yenilikçilik hakkında bilinçlidir; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi sahibidir. |
|||||
| 11 | Bir yabancı dili kullanarak Biyomedikal Mühendisliği ile ilişkili konularda, bilgi toplar ve meslektaşları ile iletişim kurar. |
|||||
| 12 | İkinci yabancı dili orta düzeyde kullanır. |
|||||
| 13 | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincindedir; bilgiye erişir, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izler ve kendini sürekli yeniler; insanlık tarihi boyunca oluşan bilgi birikimini Biyomedikal Mühendisliği alanıyla ilişkilendirir. |
|||||
*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest
Sosyal Medya
HABER |TÜM HABERLER
İspanya Universidad Jaume Üniversitesi ile Biyomedikal Mühendisliği Erasmus Anlaşması Yapıldı
Universidad Jaume ile Biyomedikal Mühendisliği için yapılacak anlaşma için imza süreçleri tamamlanmış bulunmaktadır. Öğrencilerimiz bir sonraki açılacak Erasmus Öğrenim hareketliliğinde bu üniversiteyi
İzmir Ekonomi Üniversitesi Medical Point Hastanesi Klinik Mühendisi Semineri
İzmir Ekonomi Üniversitesi Medical Point Hastanesi Biyomedikal Müdürlüğü departmanı tarafından Klinik Mühendisliği dersi kapsamında öğrencilerimize mesleki gelişimlerine katkı sağlayacak sunum gerçekleştirildi.
İş Sağlığı ve Güvenliği Semineri
BME 318 dersi kapsamında Biyomedikal Mühendisliği öğrencilerine Üniversitemiz İş Sağlığı ve Güvenliği Uzmanı Sayın Büşra BÖLCECİ YILMAZ tarafından İş Sağlığı ve Güvenliği
An Oligonucleotide Story by Assoc. Prof. Dr. Osman DOLUCA
İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Biyomedikal Topluluğunun düzenlediği Biyomed sempozyumu kapsamında bölüm başkanımız Sayın Doç. Dr. Osman Doluca "An Oligonucleotide Story" başlıklı bir
Tıp Teknolojileri Kongresi’ne ‘İzmir Ekonomi’ Damgası
Biyomedikal ve klinik mühendisliği alanındaki son gelişmelerin değerlendirildiği ‘2022 Tıp Teknolojileri Kongresi’, İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Biyomedikal Mühendisliği Bölüm Başkan Vekili Prof.
Denizel Mikroalglerin Nanoteknolojide Kullanım Potansiyeli" Konulu Çevrimiçi Seminer
Biyomedikal Mühendisliği Bölümü Öğretim Elemanı, Öğr. Gör. Dr. Gülizar ÇALIŞKAN BİLGİN, 26 Mayıs 2022 Perşembe günü "Denizel Mikroalglerin Nanoteknolojide Kullanım Potansiyeli" konulu çevrimiçi seminer vermiştir.
Tübitak 2209-A Kapsamında Destek Almaya Hak Kazanan Projelerimiz
TÜBİTAK Bilim İnsanı Destek Programları Başkanlığı tarafından yürütülen 2209-A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı 2022 yılı 2. dönem değerlendirme sonuçları açıklandı. Başvuru
Kariyer Günleri 2022
Kariyer hayatınızda bilinçli adımlarla ilerlemenize destek olmak için Nisan ayında “Kariyer Günleri” etkinlikleri düzenliyoruz. İşverenlerle bir araya gelebileceğiniz, iş&staj fırsatları keşfedebileceğiniz bu