Biyomedikal Mühendisliği

BME 420 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı

PCR-based Molecular Diagnosis

Kodu	Yarıyıl	Teori (saat/hafta)	Uygulama/Lab (saat/hafta)	Yerel Kredi	AKTS
BME 420	SPRING	2	2	3	6

Ön-Koşul(lar)	Yok
Dersin Dili	English
Dersin Türü	ELECTIVE_COURSE
Dersin Düzeyi	Lisans
Dersin Veriliş Şekli	Face-To-Face
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri	Presentation/Discussion Laboratory Question&Answer Problem solving
Ulusal Meslek Sınıflandırma Kodu	-
Dersin Koordinatörü	Doç. Dr. Osman Doluca
Öğretim Eleman(lar)ı	Doç. Dr. Osman Doluca
Yardımcı(ları)	Araş. Gör. Hüseyin Saygın Portakal

Dersin Amacı

The objective of this course to introduce the basics of polymerase chain reaction. Throughout the course students learn how to prepare samples and set up PCR instruments and evaluation of the results of PCR technique in diagnosis of genetical or communicable diseases.

Öğrenme Çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;

Ad	Açıklama	PC Alt	* Katkı Düzeyi
Ad	Açıklama	PC Alt	1	2	3	4	5
LO1	Will be able to describe the principles of Polymerase Chain Reaction (PCR)			X
LO2	Will be able to prepare components of PCR			X
LO3	Will be able to design primer and probe for PCR					X
LO4	Will be able to write PCR protocol				X
LO5	Will be able to evaluate the results obtained from the PCR device.					X

Ders Tanımı

The course covers the definition and history of polymerase chain reaction (PCR) method and how this method evolved through the years. The course covers principles of modern PCR methods and basic application of a PCR protocol starting from sample preparation to evaluation of the results obtained from PCR instruments. The course covers the introduction to common genetic and communicable diseases and PCR applications for their diagnosis in modern medicine.

Dersin İlişkili Olduğu Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Dersin Kategorisi	Temel Ders
	Uzmanlık/Alan Dersleri	X
	Destek Dersleri
	İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
	Aktarılabilir Beceri Dersleri

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta	Konular	Ön Hazırlık	Öğrenme Çıktısı
1	Introduction to Molecular Diagnosis	Lecture Notes	LO1
2	Principles of Polymerase Chain Reaction (PCR)	Chapter 2, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO1
3	Reverse Transcriptase PCR	Chapter 5, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO1
4	Quantitative PCR	Chapter 5, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO1
5	Biological Samples and Isolation Methods	Lecture notes	LO2
6	PCR optimization	Lecture notes	LO2
7	Template design	Chapter 3, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO3
8	Homework		-
9	Primer design	Chapter 3, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO3
10	Prob design	Chapter 3, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO2
11	Setting Up PCR Protocol	Chapter 3, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO4
12	Post-PCR Melting Analysis	Lecture notes	LO4
13	Normalization Methods and Reporting	Chapter 3, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO5
14	PCR-based diagnosis of Genetic and Communicable Diseases	Chapter 7, Viljoen, G. J., Nel, L. H., & Crowther, J. R. (2005). Molecular Diagnostic PCR handbook. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1402034046	LO5
15	Review and Lab Design for PCR		-
16	Final Exam		-

Ders Kitabı	Viljoen G. J. Nel L. H. & Crowther J. R. (Eds.). (2005). Molecular diagnostic PCR handbook. Springer science & business media. ISBN 978-1402034046
Önerilen Okumalar/Materyaller	-

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Katkı Payı %	LO1	LO2	LO3	LO4	LO5
Laboratuvar / Uygulama	1	30	X	X	X	X	X
Ödev	1	30			X		X
Final Sınavı	1	40	X	X	X	X	X
Toplam	3	100

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Süre (Saat)	İş Yükü
Katılım	-	-	-
Teorik Ders Saati	16	2	32
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati	16	2	32
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	3	42
Arazi Çalışması	-	-	-
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği	-	-	-
Portfolyo	-	-	-
Ödev	2	16	32
Sunum / Jüri Önünde Sunum	-	-	-
Proje	-	-	-
Seminer/Çalıştay	-	-	-
Sözlü Sınav	-	-	-
Ara Sınavlar	-	-	-
Final Sınavı	1	42	42
		Toplam	180