Biyomedikal Mühendisliği

BME 311 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı

Computational Bioinformatics

Kodu	Yarıyıl	Teori (saat/hafta)	Uygulama/Lab (saat/hafta)	Yerel Kredi	AKTS
BME 311	FALL	2	2	3	6

Ön-Koşul(lar)	SE 113 To succeed (To get a grade of at least DD) or SE 115 To succeed (To get a grade of at least DD)
Dersin Dili	English
Dersin Türü	ELECTIVE_COURSE
Dersin Düzeyi	Lisans
Dersin Veriliş Şekli	Face-To-Face
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri	-
Ulusal Meslek Sınıflandırma Kodu	-
Dersin Koordinatörü	Doç. Dr. Osman Doluca
Öğretim Eleman(lar)ı	Doç. Dr. Osman Doluca
Yardımcı(ları)	Araş. Gör. Duygu Geçkin

Dersin Amacı

This course aims to teach the algorithms used for analysis of biological data and file formats that these biological data are stored in online databases.

Öğrenme Çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;

Ad	Açıklama	PC Alt	* Katkı Düzeyi
Ad	Açıklama	PC Alt	1	2	3	4	5
LO1	Will be able to use simple programming techniques			X
LO2	Will be able to explain biological data formats and online databases			X
LO3	Will be able to collect biological data over the internet using coded methods			X
LO4	Will be able to solve simple bioformatics problems using coding					X
LO5	Will be able to apply a given algorithm to solve a given bioinformatics problem						X

Ders Tanımı

The course covers algorithms used for sequence alignment, motif discovery in DNA and protein sequences, clustering protein networks, protein complex discovery using interaction networks, phylogenetic tree construction and next generation sequencing.

Dersin İlişkili Olduğu Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Dersin Kategorisi	Temel Ders
	Uzmanlık/Alan Dersleri	X
	Destek Dersleri
	İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
	Aktarılabilir Beceri Dersleri

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta	Konular	Ön Hazırlık	Öğrenme Çıktısı
1	Introduction to Python	Chapter 2, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO1
2	Variables, if/else blocks, importing modules	Chapter 5, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO1
3	Functions and modules	Chapter 5, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO1
4	Collections and comprehensions	Chapter 5, Jones, N. C., & Pevzner, P. A. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. ISBN: 9780262101066	LO2
5	Reading from FASTA and Genbank files	Chapter 5, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO2
6	Retrieving data from NCBI using API I	Lecture notes	LO3
7	Retrieving data from NCBI using API II	Lecture notes	LO3
8	Midterm		-
9	Using RegEx to find motifs	Chapter 5, Jones, N. C., & Pevzner, P. A. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. ISBN: 9780262101066	LO4
10	Sequence alignment I	Chapter 6, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO4
11	Sequence alignment II	Chapter 6, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO4
12	Using K-mer to find repeats in DNA sequences	Chapter 7, Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102	LO2
13	Clustering biological data using K-means	Chapter 10, Jones, N. C., & Pevzner, P. A. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. ISBN: 9780262101066	LO2
14	UPMGA and Neighbor-joining tree construction algorithms	Chapter 10, Jones, N. C., & Pevzner, P. A. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. ISBN: 9780262101066	LO5
15	Review of the Semester	Lecture Notes	LO5
16	Final Exam		-

Ders Kitabı	"Choudhuri S. (2014). Bioinformatics for Beginners: Genes Genomes Molecular Evolution Databases and Analytical Tools. Elsevier. ISBN: 9780124105102 Jones N. C. & Pevzner P. A. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. ISBN: 9780262101066"
Önerilen Okumalar/Materyaller	Bassi S. (2017). Python for bioinformatics. CRC Press. ISBN: 9781351976954

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Katkı Payı %	LO1	LO2	LO3	LO4	LO5
Ödev	1	10			X	X
Proje	1	20	X			X	X
Ara Sınav	1	30	X	X	X
Final Sınavı	1	40	X	X	X	X	X
Toplam	4	100

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Süre (Saat)	İş Yükü
Katılım	-	-	-
Teorik Ders Saati	16	2	32
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati	16	2	32
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	3	42
Arazi Çalışması	-	-	-
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği	-	-	-
Portfolyo	-	-	-
Ödev	1	14	14
Sunum / Jüri Önünde Sunum	-	-	-
Proje	1	16	16
Seminer/Çalıştay	-	-	-
Sözlü Sınav	-	-	-
Ara Sınavlar	1	20	20
Final Sınavı	1	24	24
		Toplam	180