Biyomedikal Mühendisliği

BME 310 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı

Introduction to Bioinformatics

Kodu	Yarıyıl	Teori (saat/hafta)	Uygulama/Lab (saat/hafta)	Yerel Kredi	AKTS
BME 310	SPRING	2	2	3	5

Ön-Koşul(lar)	GBE 100 dersinden başarılı olmak (En az DD notu almış olmak)
Dersin Dili	English
Dersin Türü	ELECTIVE_COURSE
Dersin Düzeyi	Lisans
Dersin Veriliş Şekli	Face-To-Face
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri	-
Ulusal Meslek Sınıflandırma Kodu	-
Dersin Koordinatörü	Doç. Dr. Osman Doluca
Öğretim Eleman(lar)ı	Doç. Dr. Osman Doluca
Yardımcı(ları)	Araş. Gör. Duygu Geçkin

Dersin Amacı

The objective of this course is to introduce most commonly used bioinformatics techniques, to comprehend basic terminology of bioinformatics, to analyze and visualize biological data, to find specific literature pertaining to topics of interest.

Öğrenme Çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;

Ad	Açıklama	PC Alt	* Katkı Düzeyi
Ad	Açıklama	PC Alt	1	2	3	4	5
LO1	Will be able to explain fundamental problems of bioinformatics			X
LO2	Will be able to explain commonly used data formats in bioinformatics			X
LO3	Will be able to browse requested data using literature and databases				X
LO4	Will be able to use online bioinformatics tools				X
LO5	Will be able to Evaluate data obtained through bioinformatic methods			X

Ders Tanımı

The course covers terminology used in bioinformatics, introduction to online and offline tools and databases, basic analysis techniques of biological sequences, comparison methods.

Dersin İlişkili Olduğu Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Dersin Kategorisi	Temel Ders
	Uzmanlık/Alan Dersleri	X
	Destek Dersleri
	İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
	Aktarılabilir Beceri Dersleri

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta	Konular	Ön Hazırlık	Öğrenme Çıktısı
1	Introduction to bioinformatics	Lecture notes	LO1
2	Gene structure and central dogma	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 1	LO1
3	FASTA ve Genbank file formats	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 5	LO2
4	Structural protein database: PDB	Lecture notes and online resources	LO2
5	Exploring PubChem Substance and Compound Databases	Lecture notes and online resources	LO3
6	Chemical data formats: SMILES and SMARTS	Lecture notes and online resources	LO2
7	Literature search on PubMed	Lecture notes and online resources	LO3
8	Midterm		-
9	Genome tracking using GDV	Lecture notes and online resources	LO3
10	NCBI BLASTn, BLASTp, tBLASTn	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 5	LO4
11	Molecular dynamics and docking	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 1	LO2
12	Pairwise sequence alignment	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 6	LO4
13	Multi sequence alignment	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 6	LO5
14	Multi sequence alignment using CLUSTALW	Lecture notes and online resources	LO5
15	RNA structure prediction	Choudhuri, S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6 Chapter 7	LO4
16	Final Exam		-

Ders Kitabı	Choudhuri S. (2014). Bioinformatics for beginners: genes genomes molecular evolution databases and analytical tools. Elsevier. ISBN: 978-0-12-410471-6
Önerilen Okumalar/Materyaller	Jones N. C. & Pevzner P. A. (2004). An introduction to bioinformatics algorithms. MIT press. ISBN: 9780262101066

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Katkı Payı %	LO1	LO2	LO3	LO4	LO5
Laboratuvar / Uygulama	1	40		X	X	X	X
Ara Sınav	1	30	X	X	X
Final Sınavı	1	30	X	X	X	X	X
Toplam	3	100

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri	Sayı	Süre (Saat)	İş Yükü
Katılım	-	-	-
Teorik Ders Saati	16	2	32
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati	16	2	32
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	2	28
Arazi Çalışması	-	-	-
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği	-	-	-
Portfolyo	-	-	-
Ödev	-	-	-
Sunum / Jüri Önünde Sunum	-	-	-
Proje	-	-	-
Seminer/Çalıştay	-	-	-
Sözlü Sınav	-	-	-
Ara Sınavlar	1	23	23
Final Sınavı	1	35	35
		Toplam	150