GBE 407 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
Genomik ve Proteomik
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
GBE 407
Güz/Bahar
2
2
3
6

Ön Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Seviyesi
-
Dersin Koordinatörü -
Öğretim Eleman(lar)ı
Yardımcı(lar)ı -
Dersin Amacı Bu dersin amacı protein biyokimyası, biyoinformatik, proteomik ve fonksiyonalgenomikte kullanılan yöntemleri tanıtmaktır. Bu derste ökaryot organizmaların biyotik ve abiyotik stres karşısında tüm genom seviyesinde verdiği cevap analiz edilecek ve kişiselleşmiş ilaç uygulamalarının önemi tartışılacaktır.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • Farklı canlılardaki genomic yapıları tanımlayabilecek.
  • Karşılaştırmalı genomik uygulamalarını tartışabilecek.
  • Klasik ve modern genomik teknikleri açıklayabilecek.
  • Protein yapı ve fonksiyonunu incelemede kullanılan proteomik yaklaşımları inceleyebilecek.
  • Genomik ve proteomic uygulama alanlarını tarifedebilecek.
Tanımı Genomik ve proteomik yaklaşımların tanımı ve uygulama alanları, yapısal genomik, işlevsel genomik ve karşılaştırmalı genomiklerin kullanım şekilleri, canlılara ait genomların analizi, proteomik analizler.

 



Ders Kategorisi

Temel Meslek Dersleri
Uzmanlık/Alan Dersleri
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Genomik’in tanımı ve genel bakış Genomics: Essential Methods- Chapter 1
2 Prokaryotik ve Ökaryotik genomuna giriş ve karşılaştırmalı genomik Genomics: Essential Methods- Chapter 1
3 Fonkisyonel Genomik uygulamalarda kullanılan teknikler ve deneysel stratejiler Genomics: Essential Methods- Chapter 1
4 İnsan genetik hastalıklarında genomik uygulamalar Genomics: Essential Methods- Chapter 1
5 RNA bazlı teknikler Genomics: Essential Methods- Chapter 1
6 Gen aktarma teknikleri ve gen terapisi Genomics: Essential Methods- Chapter 1
7 1.Arasınav
8 Proteomiğin tanımı, genomik ve sistem biyolojisi ile ilişkisi Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter 1
9 Proteomikteayırma ve tespit yöntemleri 1: jel bazlı ayırma, protein/peptidlerin jelde görüntülenmesi Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter2
10 Proteomikte ayırma ve tespit yöntemleri 2: jel olmadan ayırma teknikleri ve proteomik uygulamalarda çipler Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter2
11 Peptid/proteinlerin kütle spektroskopisi ile analizi, uygulamanın temel prensipleri Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter3
12 2.Arasınav
13 Kütle spektroskopisi ve proteomik verilerin birlikte değerlendirilmesi ve analizi Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter4
14 Kütle spektrometrikproteom veri analizlerinde biyoinformatik yaklaşımlar, proteomik uygulama stratejileri Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis- Chapter4
15 Genel tekrar Ders sunumları ve notları
16 Final sınavı

 

Dersin Kitabı Genomics: Essential Methods, Mike Starkey (Editor), Ramnath Elaswarapu (Editor), Wiley-Blackwell; 1 edition, 2004.
Diğer Kaynaklar Introducing Proteomics: From concepts to sample preparation, mass spectrometry and data analysis, josipLovric, Wiley-Blackwell, 2011

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl İçi Çalışmaları Sayı Katkı Payı %
Derse Katılım
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınavlar / Stüdyo Kritiği
3
15
Ödev
3
15
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Çalıştay
Portfolyo
Ara Sınav / Sözlü Sınav
2
40
Final Sınavı / Sözlü Sınav
1
30
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
70
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
30
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Aktiviteler Sayı Süresi (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x toplam ders saati)
16
4
64
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
Sınav haftası dahil değildir. 16 x uygulama/lab ders saati
16
Sınıf Dışı Ders Çalışması
14
1
Arazi Çalışması
Küçük Sınavlar / Stüdyo Kritiği
3
5
Ödev
3
10
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Çalıştay
Portfolyo
Ara Sınavlar / Sözlü Sınavlar
2
16
Final / Sözlü Sınav
1
25
    Toplam
180

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1

Matematik, Fen Bilimleri, Biyomedikal Mühendisliği konularında yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri Biyomedikal Mühendisliği problemlerini modelleme ve çözme bilgileri kullanabilmek.

2

Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini toplayabilmek, yorumlayabilmek ve değerlendirebilmek.

3

Karmaşık bir sistemi, süreci, veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlayabilmek; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulayabilmek.

4

Biyomedikal Mühendisliği uygulamaları için gerekli modern teknik ve araçları geliştirebilmek, seçebilmek ve kullanabilmek.

5

Biyomedikal Mühendisliği problemlerinin incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz edebilmek ve yorumlayabilmek.

6

Biyomedikal Mühendisliği disiplini içinde ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilmek; bireysel çalışma ve değerlendirebilmek.

7

Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincine sahip olmak; bilgiye erişim, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenilemenin önemini kavramak.

8

Mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahip olmak.

9

Proje yönetimi ile risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi iş hayatındaki uygulamalarını bilmek; girişimcilik, yenilikçilik ve sürdürülebilir kalkınma konularında farkındalık edinmek.

10

Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ile çağın sorunları hakkında bilgi sahibi olmak; Biyomedikal Mühendisliği çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık sahibi olmak.

11

Bir yabancı dili kullanarak Biyomedikal Mühendisliği ilgili bilgileri izleyebilmek ve meslektaşları ile iletişim kurabilmek (“European Language Portfolio Global Scale”, Level B1).

12

İkinci bir yabancı dili orta düzeyde kullanabilmek.

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest